Маленькая любопытная рыбка Поньо — дочь колдуна и прекрасной морской богини — уплывает из дома, чтобы понаблюдать за жизнью людей. Поньо застревает в банке и оказывается выброшенной на берег. Её подбирает пятилетний Сосукэ. Малыши привязываются друг...

Действие картины начинается в конце Второй мировой войны. Преподаватель военной академии Утидо уходит в отставку и живет с женой в скромном домишке какого-то разрушенного имения, где его постоянно навещают преданные ученики - помогают ему, справляют...